宋与辽、金、西夏等其他各政权形成文化上多元互动的复杂关系，儒家经典通过榷场贸易传入北方诸国，对促进这些地域书院的建立和民族文化融合发挥了重要作用。

元代书院由南入北，文脉蔓延，正如清代学者朱彝尊说：“书院之设，莫盛于元，设山长以主之，给廪饩以养之，几遍天下。”

辽代龙首书院

山西省应县

龙首书院由辽代翰林学士邢抱朴在家乡山西应州龙首山建立，也是山西第一所有明确记载的书院，当年藏有大量经、史图书。

金代书院

金代新建的书院有魁文书院（俗称张状元书院，山东日照）、翠屏书院（山西浑源）、黄华书院（河南林县）、冠山书院（山西平定）、密公书院（河南开封）和弦歌书院（山东武城）等，还延续、复建一些唐宋书院。有地址记载的书院11所，分布在山西（3所）、山东（3所）、河南（4所）、河北（1所），主要在燕云和鲁豫之地，这里原是辽、宋统治下的汉人聚居区，文化教育水平较高。

元代形成了政治上的大一统局面，对儒家文化和书院的重视也在元朝历代帝王中得以延续，使元代书院发展自始至终呈现出多民族共同倡导推动的特质。在官方推动下，书院之制开始由南入北，尤其是北方书院得到发展。承续中华文脉的书院，逐渐成为蒙古、色目等各民族文士交流学习的共同空间。据《历代书院名录》统计，元代共建有书院296所，加上宋代留传下来的书院，元代书院近千所。

元代太极书院

北京市

元代书院南北均一最显著的标志，就是太极书院的建设。太极书院创办于元朝建立前夜，窝阔台的侍从杨惟中、姚枢等把从蒙宋交战中所获的南宋八千余卷图书送往燕京（今北京），随后仿效岳麓书院、白鹿洞书院建立了太极书院。太极书院的祠堂壁刻有太极图、《通书》《西铭》等理学经典，延请名儒赵复讲授理学，培养了许衡、郝经、姚枢、窦默、刘因等著名学者，促使南方程朱理学著作在北方系统刊刻、传播，推进了民族阅读文化的融合。