明代前期由于政府看重官学，非官办学校出身者不准应试，作为私家讲学之所的书院遭到冷落。随着官学制度败坏和科举考试中腐败现象的滋生蔓延，士大夫纷纷兴复和创建书院，嘉靖以后的书院大大超过了前代，据统计，最盛时书院总数达到了1239所。

清代乾隆时期政府倡办书院，朝廷赐书、官员赐书，再加上自行刻书越来越多，书院藏书达到古代巅峰。1840年鸦片战争后，书院受“西学东渐”影响，藏书由专藏经史典籍转变为兼收新学、时务书籍。

象山书院

江西省贵溪市

明景泰三年（1452），官方重建象山书院。该书院始建于南宋淳熙十四年(1187)，称为“象山精舍”，是陆九渊学派的教学基地，被誉为“心学祖庭”。曾列为江西四大书院之一，与白鹿洞、鹅湖、白鹭洲书院齐名。乾隆十年(1745)，知县彭之锦于贵溪城西巍峙溪旁万安寺废址上重建象山书院，依山傍水，苍松翠竹，环境优美，一时“慕学者骈肩累迹，席不能容”。

关中书院

陕西省西安市

关中书院是明清西北最高学府，比肩湖湘地区的岳麓书院。书院始建于明万历三十七年(1609)，为名儒冯从吾“联友会讲”处，天启初被废。康熙三年(1664)，西安知府叶承祧等在原址扩建。康熙十二年(1673)陕西总督鄂善又复修，聘李颙主讲，一时“德绅名贤、进士举贡、文学子衿之众，环阶席而侍，听者几千人”。

莲池书院

河北省保定市

雍正十一年（1733）直隶总督李卫奉诏而建，是清代直隶最高学府，深受清廷重视。汪师韩、章学诚、黄彭年、吴汝纶等硕儒名家都曾执教于此。黄彭年扩建校舍，增置图书三万余卷。书院于清末改革教学体制，开设古学，提倡实学、新学，接纳西方先进科学知识，开展中外学术交流，开一代新风，被誉为“北方文化的渊薮”。

莲池书院 古莲花池

 莲池书院万卷楼（藏书楼）